Dottore in Legge e in Diritto Canonico. Ordinato sacerdote il 7 agosto 1955, fu stretto collaboratore di san Josemaría Escrivá, e dal 1953 fino alla sua morte, avvenuta nel 1975, fu il suo segretario. Dal 1966 è membro del Consiglio Generale dell'Opus Dei.
Nel 1975, quando mons. Álvaro del Portillo successe a san Josemaría Escrivá alla guida dell'Opus Dei, Javier Echevarría fu nominato segretario generale. Nel 1982, con l'erezione dell'Opus Dei in prelatura personale, divenne vicario generale della Prelatura.
È membro della Congregazione per le Cause dei Santi,  del Supremo Tribunale della Segnatura Apostolica e della Congregazione del Clero. Ha partecipato all’Assemblea Generale del Sinodo dei Vescovi sull’America (1997) e sull’Europa (1999) e all’Assemblea Generale ordinaria del 2001 e del 2005.
Dopo la sua elezione e nomina, da parte di Giovanni Paolo II, a prelato dell’Opus Dei il 20 aprile del 1994, ha ricevuto dalle mani del Papa l’ordinazione episcopale il 6 gennaio 1995 nella basilica di S. Pietro.
È autore di libri di spiritualità, come "Memoria del beato Josemaría", "Itinerari di vita cristiana", "Para servir a la Iglesia", "Getsemani", "Eucaristía y vida cristiana".